Elfen Lied gira em torno das interações, ideias, emoções e discriminações entre humanos e Diclonius, uma espécie mutante parecida com os humanos na forma, mas distinguíveis por dois chifres na cabeça e pelos "vectors", braços transparentes controlados mentalmente que têm o poder de manipular e cortar objetos dentro do alcance. A série é focada na jovem Diclonius "Lucy", que foi rejeitada pelos humanos e consequentemente alimenta uma vingança contra eles.
Elfen Lied mostra uma evolução da humanidade, os Diclonius. Os Diclonius se parecem muito com humanos normais, porém, possuem algumas diferenças: Uma glândula pineal de tamanho exarcebado, um par de pequenos chifres em suas cabeças, olhos e cabelos avermelhados/rosados, e conseguem sentir a presença de outros de sua espécie. Como resultado da mutação na glândula pineal, competem à telecinese; desenvolvem estruturas de natureza desconhecida, de ação física similar à de braços, denominados vectors. A força que tais estruturas possuem o poder de meramente reduzir uma cabeça humana à frangalhos, e parar tiros. Por causa dessas características especiais, os Diclonius sofrem preconceito; tanto por medo de suas potêncialidades quanto por interesse da espécie humana. Uma relação de extermínio e uso se estabelece; os humanos desejam eliminar os diclonius, mas antes, aproveitar-se de sua existência para pesquisas, e os diclonius desejam eliminar os humanos.
Os Diclonius nascem de pessoas normais, mas cujo o pai ou a mãe foi infectado com um dos vectors de outro Diclonius em seu cérebro.
A sociedade diclonius é mínima e possui uma tênue organização. Contudo, essa tênue organização ainda assim possui os meios de levar a espécie humana à extinção. Durante a história, há o uso de um termo recorrente no jargão ideológico do Nacional Socialismo, Lebens (Vital), tal como uso do característico discurso de impossibilidade de convivência encontrado no Mein Kampf e nas políticas de Apartheid.
A história começa com a fuga de Lucy, uma poderosa Diclonius Rainha (por ser naquele momento a única com o poder de reprodução atravéz dos véctores), de uma ilha, um centro de pesquisas, fortemente protegido por gente armada, com uma instalação científica enorme. Na tentativa de impedi-la, um sniper acaba acertando seu capacete e a derruba no mar. Depois ela é encontrada por Kouta e sua prima, Yuka, sem roupas, sem memória alguma, com comportamento de uma criança pequena e a única coisa que conseguia falar era "Nyuu". Por ela só saber falar isso, eles acabam chamando-a de "Nyuu" mesmo. Depois ela acaba indo morar com Kouta, numa antiga pensão fechada, que ele havia alugado para morar enquanto estudava na universidade. Enquanto isso, o pessoal que trabalha no laboratório está desesperado atrás da Lucy, e enviam assassinos profissionais(uma espécie de Tropa de Elite) e outras Diclonius atrás dela.
A PersonagemLucy (em japonês: ルーシー, Rūshī?) / Nyu (em japonês: にゅう, Nyū?)
Uma Diclonius, é a personagem principal da série. Sua personalidade é assassina, querendo matar todos, sentindo prazer nessa ação. Pensa assim pelo jeito de como ela era tratada quando criança, humilhada, sofrendo abusos e preconceitos, de todos à sua volta. Porém, com a sua fuga do laboratório, levou um tiro no capacete que usava, afetando sua cabeça, surgindo assim sua outra personalidade, Nyuu. Quando está com essa personalidade, a única coisa que fala é "Nyuu!", de onde vem o seu nome, mas com o passar da história Kouta e Yuka vão-lhe ensinando novas palavras. É infantil, inocente, boa, e se preocupa com todos. Enquanto ela esta como Nyuu, Lucy, a personalidade assassina, fica adormecida. Sua personalidade muda de repente, normalmente quando sofre um estímulo, como uma ameaça ou algum sentimento de raiva ou ódio, ou quando leva uma pancada na cabeça. Lucy desde criança é apaixonada por Kouta.
Música
A música de abertura do anime é Lilium, por Kumiko Noma. A letra é baseada em diversas passagens bíblicas (versículos 1-2: Salmos 37:30; versículos 3-5: Epístola de Tiago 1:12[1]) e no hino religioso Ave mundi spes Maria (Ave Maria, Esperança do Mundo) em Latim.[2] A frase "Kyrie Eleison", em grego, também aparece no texto, mas ela é empregada na liturgia da missa latina. A letra e a melodia são de Kayo Konishi e Yukio Kondou, que foram requisitados para criarem a canção como um Canto Gregoriano, interpretada por Kumiko Noma.
Lilium
Os iusti meditabitur sapientiam
Et lingua eius loquetur iudicium
Beatus vir qui suffert temptationem
Quia cum probates furerit
Accipiet coronam vitae
Kyrie, ignis divine, eleison
Oh quam sancta
Quam serena
Quam benigna
Quam amoena
Oh castitatis lilium
Tradução
LírioSalmos 37:30(HEBR. 37:30)A boca dos justos
Anuncia a sabedoria
E sua língua
Proclama o direito
Epístola de Tiago 1:12
Bem aventurado o homem que
Sofre a tentação
Porquê, depois que tiver sido provado,
Receberá a coroa da vida
Senhor fonte de bondade
Senhor, oh fogo divino, tende piedade
Oh quão santa,
Quão serena,
Quão benevolente,
Quão agradável,
Oh casto lírio.
